税控系统是利用数字密码和电子存储技术，强化专用发票防伪功能，实现对增值税纳税人税源监控的计算机管理，税控系统主要包括防伪税控系统和货物运输业增值税专用发票税控系统。一般纳税人必须使用税控系统开具专用发票并按期向国税机关报送开票数据。
一、税控设备发行
是指国税机关将一般纳税人的税务登记信息、发票核定情况写入税控系统和税控开票设备中，经过发行的税控设备才能开具专用发票。
（一）适用范围
一般纳税人已购买防伪税控系统或货运税控系统专用设备，专用发票供票资格申请及最高开票限额行政许可已核批。
（二）办理资料
1.《发票供票资格认定/变更申请表》；
2.《准予税务行政许可决定书》；
3.《增值税防伪税控开票系统安装使用通知书》或《货物运输业增值税专用发票税控开票系统安装使用通知书》；
4.使用防伪税控系统的一般纳税人需提供USB金税盘、报税盘，使用货运税控系统的纳税人需提供TCG-01税控盘、TCG-02报税盘；
5.国税机关要求的其他资料。
（三）办理流程
纳税人携带上述资料到办税服务厅的税控发行窗口办理，税务机关工作人员对资料进行核对，资料完整、手续齐全的当场办结。
（四）常见问题
1.如果纳税人名称、经营地址等税务登记信息发生变更如何处理？
应携带税控开票设备到主管国税机关办理税控设备的变更发行。
2.如因计算机系统故障或税控设备损坏，导致无法开票应如何处理？
纳税人应联系技术服务单位对税控设备运行情况进行诊断，因为软件问题导致的可以携带税控设备和技术服务单位出具证明到税务机关办理重新发行，恢复到初始状态；因为税控设备硬件导致的问题，应更换新设备并到国税机关办理发行。
二、报税
是指一般纳税人将税控系统开具的增值税专用、普通发票以及货物运输业增值税专用发票的开票数据，通过税控设备报送到国税机关。
（一）适用范围
使用税控设备开具专用发票的一般纳税人，税控设备经过国税机关发行后的次月起，每月申报期内在纳税申报后进行税控系统报税。
（二）办理资料
1.增值税纳税申报表；
2.使用防伪税控系统的一般纳税人需携带USB报税盘，使用货运税控系统的纳税人需携带TCG-01税控盘或TCG-02报税盘；
3.从开票系统打印的发票汇总表。
（三）办理流程
1.纳税人在申报期内进行纳税申报。
2.纳税人在开票系统中将开票数据写入报税设备。
3.携带报税设备和开票汇总表、纳税申报表到国税机关办理报税，或通过网络办理远程报税。
4.纳税人的报税数据、认证数据等与纳税申报数据比对一致后，国税机关对纳税人的报税设备进行解锁。
（四）常见问题
1.本月没有开具专用发票，次月申报期还需要报税吗？
纳税人税控设备一经发行，不论是否开具发票，次月申报期内都必须办理报税。
2.如果没有按期报税会有什么后果？
根据《中华人民共和国发票管理办法》规定：使用税控装置开具发票，未按期向主管税务机关报送开具发票数据的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款。
三、认证
是指一般纳税人取得税控系统开具的增值税扣税凭证，通过认证进行解密以识别真伪，是申报抵扣进项税额的前提条件。
（一）适用范围
一般纳税人取得增值税专用发票，机动车销售统一发票，公路内河货物运输业发票，货物运输业增值税专用发票，应在发票开具之日起180日内到国税机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管国税机关申报抵扣进项税额。
（二）办理资料
1.税务登记证副本；
2.增值税扣税凭证抵扣联原件。
（三）办理流程
纳税人携带上述资料到办税服务厅的认证窗口办理，税务机关工作人员当场对增值税扣税凭证抵扣联进行认证，并出具认证清单。也可以通过网络进行网上认证并打印认证清单。
（四）常见问题
1.扣税凭证的认证有时间限制吗？
增值税扣税凭证的认证时限为自发票开具之日起180天之内，逾期将无法办理认证和抵扣进项税金（国家税务总局规定的情形除外）。
2.除了税控系统开具增值税专用发票，机动车销售统一发票，公路内河货物运输业发票，货物运输业增值税专用发票外，其他的增值税扣税凭证需要认证吗？
其他扣税凭证如铁路货运发票、海关进口增值税缴款书等，由于不是税控系统开具的，不需要办理认证。应使用通用税务数据采集软件进行抵扣数据采集并报送给税务机关。
3.如认证结果为“无法认证”、“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的如何处理？
认证结果为“无法认证”、“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，可以向国税机关申请开具开具红字增值税专用发票通知单》或《开具红字货物运输业增值税专用发票通知单》，由开票方开具红字专用发票。
四、红字通知单
是指一般纳税人开具或接受的专用发票后，发生开票有误、折扣折让、服务终止、无法认证等情况，且不符合作废条件的，需要通过申请红字通知单用于开具红字专用发票。
（一）适用范围
1.一般纳税人开具的增值税专用发票或货物运输业增值税专用发票，因开票有误等情形尚未交付给受票方的或受票方拒收的，且受票方未认证发票的，由开票方申请红字通知单。
2.一般纳税人取得增值税专用发票或货物运输业增值税专用发票后，发生开票有误、销售退回、销售折让、服务终止等情形的，且受票方已认证发票的，由受票方申请红字通知单。
（二）办理资料
1.开具或取得增值税专用发票的纳税人需提交《开具红字增值税专用发票申请单》；
2.开具或取得货物运输业增值税专用发票的纳税人需提交《开具红字货物运输业增值税专用发票申请单》；
3.开票方因开具有误等情形受票方拒收的，申请时应提供受票方出具的，写明具体理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料；
4.开票方因开具有误等情形尚未交付受票方的，申请时应提供开票方出具的，写明具体理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料。
（三）办理流程
1.使用防伪税控系统的纳税人通过税控系统填写并打印《开具红字增值税专用发票申请单》；
2.《开具红字货物运输业增值税专用发票申请单》暂不通过货运税控系统开具，可在办税服务厅领取纸质的表格，或在税务机关网站下载表格填写。
3.纳税人将申请表格填写完整并签章，连同相关的书面材料一并向主管国税机关办税服务厅综合受理窗口提出申请。
4.办税服务厅窗口对资料进行审核后，向纳税人出具《开具红字增值税专用发票通知单》或《开具红字货物运输业增值税专用发票通知单》。
5.已认证并申报抵扣进项发票的受票方纳税人，应在当月做进项税金转出处理。
（四）常见问题
1.红字通知单的办理有时间限制吗？
开票方应在认证期内申请办理红字通知单，即开票之日起180日内。受票方认证专用发票后申请红字通知单暂无时间限制。
2.如果申请的红字通知单内容有误应如何处理？
在红字专用发票尚未开出，红字通知单尚未核销的情况下，可以向税务机关申请撤销通知单，重新办理申请。
3.如果红字专用发票开具有误，与红字通知单内容不一致如何处理？
红字专用发票与红字通知单必须一一对应，内容完全一致。如开具的红字专用发票与红字通知单不一致，符合发票作废条件的，可以将红字专用发票作废后重新开具，否则将不能冲减销项税额。
五、已报税证明单
指一般纳税人遗失已开具的增值税专用发票或货物运输业增值税专用发票的发票联和抵扣联，不论是否已认证，可向主管国税机关申请开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》（以下简称已报税证明单）。受票方凭记账联复印件和已报税证明单，经购买方主管税务机关审核同意，进行发票认证（或者办理逾期未认证审批手续）后，方可申报抵扣，并作为增值税进项税额的抵扣凭证。
（一）适用范围
一般纳税人遗失已开具的增值税专用发票或货物运输业增值税专用发票的发票联和抵扣联，且已办理纳税申报和开票数据报税。
（二）办理资料
增值税专用发票或货物运输业增值税专用发票记账联复印件
（三）办理流程
纳税人携带增值税专用发票或货物运输业增值税专用发票记账联复印件，向主管国税机关办税服务厅综合受理窗口提交申请。
2.工作人员在税控系统中查询报税信息，与纳税人提交的资料核对无误后，当场出具《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》。
（四）常见问题
1.如专用发票全部联次都遗失，能否申请开具已报税证明单？
不能申请。根据规定，只有遗失已开具的增值税专用发票或货物运输业增值税专用发票的发票联和抵扣联，税务机关方可出具已报税证明单。
2.申请已报税证明单有时间上的要求吗？
纳税人遗失发票联和抵扣联的专用发票，必须在已办理纳税申报并报税之后，可向主管税务机关申请开具已报税证明单。